Nu de nadelen van het niet-breed fokken: 
De methode van inteelt gold lang als zaligmakend in de rashondenfokkerij.
Inteelt werd gezien als de manier bij uitstek om de ‘goede’ genen te behouden,
de ‘slechte’ weg te selecteren, en op die manier een homozygote populatie op te bouwen met enkel ‘gewenste’ kenmerken.
In die visie zijn genen ‘goed’ of ‘slecht’, en gaat men er vanuit dat het mogelijk is om op één enkel gen te selecteren, zonder gevolgen voor de rest van het genenpakket.

                                                                                 De Bull Terriër
                       

                                                                                Engels Bulldog
                       

                                                                                 Duitse Herder
                       

                                                                                 Franse Bulldog
                       



                                                                                Teckel
                      

                                                                                Inmiddels weten we beter.
We weten nu dat genen niet alleen goed of slecht zijn, zwart of wit, maar het hele scala van grijs daar tussenin bestrijken.
En ‘bijna goed’ is meestal niet te onderscheiden van ‘goed’.
Tegen duidelijk ’foute’ genen kunnen we selecteren, maar met ‘net niet helemaal goed’ kunnen we weinig in de fokkerij. Bijvoorbeeld: Tussen een gloednieuwe auto en een auto die totall -loss op de sloop ligt, zitten héél veel gradaties.
Zijn er mankementen aan motor of remmen, dan is al snel duidelijk dat we met een ‘fout’ exemplaar te maken hebben.
Maar als het brandstofverbruik een fractie hoger ligt dan zou kunnen, of als de handrem het wel doet maar,
in de loop van de tijd, steeds ietsje meer kracht vereist, dan is het maar de vraag of je dat wel merkt.
In fokkerijtermen: tegen HD, ED, levershunt kunnen we selecteren,
maar merken we het als een hond net wat eerder buiten adem is?
Als een hond een tikkeltje gevoeliger is voor infecties? Waarschijnlijk niet.
Als zo’n tendens zich, héél geleidelijk, bij het merendeel van de honden voordoet, dan is de kans zelfs levensgroot dat we erin meegroeien, eraan wennen, niet beter weten.
inteeltdepressie – afnemende vitaliteit in een populatie – is voor een groot deel het gevolg van de ongemerkte opstapeling van zulke ‘net niet helemaal goede’ genen.

We weten nu ook dat,
wanneer we selecteren op één kenmerk, één gen, we ongewild diezelfde selectie toepassen op andere genen die er toevallig vlakbij liggen.
Genen waarvan we doorgaans helemaal geen idee hebben wat ze precies beïnvloeden.
Strenge selectie op één enkel kenmerk kan daardoor als resultaat hebben dat ongewenste eigenschappen plotseling wijd verbreid raken in een ras, of juist dat gewenste eigenschappen mee verdwijnen met een kenmerk waartegen we selecteren.
Stel je voor dat we, wanneer we streng zouden selecteren vóór een bepaalde oogkleur,
ongewild ook zouden selecteren vóór een genetische aanleg voor hartkwalen, of per ongeluk ook selecteren tégen die eigenschappen die de Labrador tot apporteur maken.
Dit zijn uit de lucht gegrepen voorbeelden, maar ondenkbaar is het niet.
Op diezelfde manier is bij een ander ras de aanleg voor blaas- en nierstenen tot raskenmerk geworden:
die aanleg blijkt meegelift te zijn in de selectie vóór het voor dat ras kenmerkende vlekkenpatroon.
Voor dat vlekkenpatroon zijn alle honden van dat ras inmiddels fokzuiver.
Voor die aanleg voor nierstenen helaas ook.

Een derde veronderstelling van de inteeltmethode is dat homozygotie (voor gewenste kenmerken uiteraard) een goede zaak is.
En ook die veronderstelling is inmiddels door de wetenschap weerlegd.
Rassen die gekenmerkt worden door een hoge mate van homozygotie,
een hoge mate van genetische eenvormigheid dus,
blijken op allerlei fronten kwetsbaarder te zijn dan minder ver doorgefokte rassen.
De vitaliteit en de fertiliteit nemen af.
Het ras krijgt te maken met een toename in gezondheidsklachten en een toename in gedragsproblemen.
Door selectie is men er wellicht in geslaagd een aantal erfelijke kwalen uit te bannen,
maar de erfelijke afwijkingen die nog wel in het ras aanwezig zijn komen voor bij veel honden van dat ras, en zijn nauwelijks nog terug te dringen.

Uit recent onderzoek  blijkt onomstotelijk een relatie tussen inteelt en levensduur:
hoe hoger de inteeltcoëfficiënt, hoe korter de gemiddelde levensduur.
Dezelfde relatie zien we tussen nestgrootte en inteelt: hoe hoger de inteeltcoëfficiënt van de teef, hoe kleiner de nesten die ze voortbrengt.
Van kleinere nesten ligt een fokker misschien niet wakker, maar die onmiskenbare daling van levensverwachting zou geen fokker met het hart op de juiste plaats onberoerd moeten laten. 
Bron: Inteelt en inteeltcoëfficiënt Janneke Scholten, Genetic Counseling Services mei 2004